低分子肝素钠和低分子肝素钙区别在于作用机制不同、分子结构不同、针对的病情不同等，需要根据自身体质对症治疗。
1、作用机制不同：低分子肝素钠和低分子肝素钙都属于预防静脉血栓形成的药物，一般是通过局部注射的方法，虽然疗效相同，但是作用机制不同，低分子肝素钠在使用后在三个小时可以达到峰值，24小时还可以检测到，低分子肝素钙使用三个小时左右会逐渐的下降，24小时可能无法检测到。
2、分子结构不同：低分子肝素钠属于一价的钠离子结构，低分子肝素钙属于二价的钙离子结构。
3、低分子肝素钠可以治疗急性深静脉血栓，能够有效的抑制血栓形成，低分子肝素钙可以有效的治疗已经形成的深静脉血栓，并且还可以起到预防作用。
除此之外，适应症等方面也不同，需要根据自身的情况在医生指导下用药。
