小便时阴茎刺痛可能是因为前列腺炎、尿道炎、膀胱炎等原因所引起，具体原因需要做进一步检查才能够确诊。
1、前列腺炎：前列腺液中会出现大量细菌、白细胞等成分，可能会出现乳白色分泌物症状，可以遵医嘱口服头孢克肟片、头孢克洛缓释胶囊、头孢克洛分散片等药物治疗。
2、尿道炎：尿道炎大多是因为受到细菌感染所引起，会导致小便时阴茎刺痛，可以遵医嘱口服三金片、罗红霉素分散片、阿莫西林胶囊等药物治疗。
3、膀胱炎：膀胱炎会导致患者出现尿频、尿痛等症状，所以会使阴茎刺痛，需要遵医嘱使用头孢呋辛片、头孢丙烯片、头孢地尼片等药物治疗。
