1、先天性生理缺陷
患有某些先天性疾病，如肠狭窄，肠梗阻，直肠或肛门狭窄等疾病的婴儿出现便秘跟患病有密切的联系。
2、婴儿饮食调理不当
婴儿偏食挑食等不良习惯，儿童膳食纤维摄取不足，粪便容积小，对肠壁刺激不够，最容易导致便秘发生。此外，饮食中蛋白质含量过高，肠发酵菌相对减少影响发酵，导致大便干燥，婴儿排便次数减少;婴儿饮食量不足，肠道内残渣减少，腹肌肠肌张力不足，也会引起婴儿便秘。
3、生活太规律，肠道功能失常
家长没有培养婴儿养成规律的生活习惯，没有制定按时给宝宝排便的计划，宝宝没有形成排便的条件反射，还会有意识的抑制便意，时间长了，肠道排便反射敏感度降低，导致大便积聚在肠道内，水分被吸干，大便变得干燥，结果引起便秘。
4、精神刺激导致婴儿便秘
婴儿如果从自己十分熟悉适应的环境突然转换到陌生的环境，由于一时无法适应，也会出现便秘现象。
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