九层塔的副作用可能会产生恶心或者呕吐，如果对本品过敏者通常不建议服用。
九层塔属于一种中药性温，味辛，归肺经和脾经，还包含胃经和大肠经，一般没有明显的不良反应，少数人可能用药后会产生恶心或者呕吐，如果对本品过敏者还可能会引起皮疹产生过敏现象，所以对药物过敏者不能用药。九层塔能够起到疏风解表的作用，还有祛风消肿和散瘀止痛功效，也能够活血通经，通常可治疗外感头痛和食胀气滞，也可以改善胃脘痛，本品外用也可治疗，跌打损伤或者蛇虫咬伤，如果出现湿疹和瘙痒现象，也可选择肝药物治疗，主要可以起到抗菌和消炎的作用，还能够抗毒蛇，但如果气血虚燥者慎服用，尽量在专业医生指导下按时按疗程用药，以免盲目服用或者用药过量可能会产生不良反应。
外用药物期间注意皮肤清洁和卫生，不要用手去撞到或者揉搓，预防皮肤继发细菌感染。平常还要注意饮食，不能经常暴饮暴食或者吃些刺激性食物，否则可能会导致肠胃负担加重，容易引起胃脘疼痛，越来越严重。
