下丘脑分泌促性腺激素释放激素，通过垂体门脉系统入垂体，使垂体前叶分泌促性腺激素。下丘脑疾病可影响垂体，进而影响卵巢引起闭经，下丘脑性闭经甚为多见。精神神经因素、药物等也可以影响下丘脑，引起闭经。
造成下丘脑闭经的原因可能有：1、先天性促性腺激素低下：患者常有嗅觉缺陷、智力迟钝、闭经及性发育幼稚等。2、神经性厌食：月经与体重有一定关系，由于不能进食，体重明显下降，影响月经来潮，患者能进食，体重增加后，月经即能复潮。3、精神及神经因素：常见，如精神紧张、恐惧、忧虑、精神病、环境改变、地区转移以及寒冷刺激。刺激强弱不一，个体反应亦有差异。4、肥胖生殖无能性营养不良症：下丘脑病变(如颅咽管瘤)影响下丘脑与垂体间的联系。促性腺激素分泌减少。除闭经外，常有肥胖及第二性征发育不全。5、闭经泌乳综合征"下丘脑生乳激素抑制因子及促性腺激素释放激素减少，雌激素下降而引起闭经及不随意乳汁分泌。原因可能为药物(利血平、氯丙嗪、眠尔通)作用、垂体肿瘤或功能性高催乳素血症等。6、药物抑制因素：下丘脑对许多药物敏感。常引起闭经药物有吩噻嗪类，眠尔通、利血平也有同样作用，停药后月经自然恢复。避孕药停药后可引起闭经，更多见于用长效避孕针及长效避孕药后，平素月经不调或排卵稀少者更容易发生闭经。对这些妇女宜采用其他安全的避孕措施。为了自己的健康着想。对自身疾病的治疗一定要选择专业的医院。
