虽然藿香正气水与藿香正气液同来自同一方剂——藿香正气散，但这两种药的配方不同，生产加工工艺也不相同，所以其功效和应用在临床上也各有不同。
藿香正气水是以60%酒精为有机溶剂浸制的中药制剂，其剂量大、食量小、易于储存，但味道不太好，而且对胃黏膜有刺激作用，因为它含有酒精，所以饮酒过敏者、驾驶员、小孩孕妇、年迈气血虚者要谨慎使用。
藿香正气液是以药物煎去渣、取汁制成的液体制剂，与其他制剂相比较，具有消化吸收快、不含酒精、口感好等特点，便于老人、小孩服食，药力接近于粉剂、丸剂与药粉之间。
1、藿香正气水对预防中暑有一定作用
根据中医的观点，中暑由热内侵引起，并可分为热、湿、阳三种类型。中暑是由于夏季受凉引起的，比如经常去中央空调房就会出现中暑症状;湿暑主要是由于寒湿气温引起的，头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等病症;阳暑主要是由于寒冷湿气引起的，比如：高温引起头昏、眼花、发烧等疾病。
藿香正气水是不能治愈高温中暑的，但能起到预防的作用。
2、细菌性腹泻不宜服用
藿香正气水虽然具有香化湿、补虚祛寒的功效，但仅适用于感冒腹泻，不宜用于细菌性腹泻。
人们在夏天吃东西时忽冷忽热，喜欢吃生冷的食物，瓜果蔬菜，如果出现了腹痛腹泻，可以选择藿香正气水来缓解。
3、不可与某些药物同食
服用藿香正气水，不可服用抗菌药物、降血糖药、抗抑郁药物等。在服药期间还不能服用滋补养生性中药方剂，如果是高血压、心脏病、糖尿病、肾病等慢性疾病，都要在医生指导下服用。
