很多神经系统疾患，结直肠疾患和对肛直肠的直接损伤等，均可造成肛门失禁。肛门失禁的主要和常见的病因有：
①神经系统疾患：脑血管意外，脑动脉硬化，脑外伤，脊髓损伤，脊髓瘤，脊柱裂等;
②结、直肠疾患：先天性巨结肠，溃疡性结肠炎，结、直肠癌，直肠脱垂，肛直肠畸形等;
③肛直肠直接损伤，其中手术损伤是常见原因，包括肛瘘、肛裂和痔等手术以及硬化剂注射。此外，还有会阴撕裂，意外伤，枪弹伤和异物等病因。
肛门失禁的治疗首先应针对病因进行，如脑外伤、脑血管意外，在病情恢复后，肛门失禁亦多能恢复。脊椎裂患者要强调早期手术修补，才能保全肛门功能。脊髓瘤患者，原发病灶手术切除后，肛门失禁多较难恢复先天性巨结肠，作保留括约肌的结肠切除，可以有良好肛门功能。
溃疡性结肠炎，切除病变结肠，保留肛直肠，多能保全肛门功能。临床上常见的肛门失禁，大多由肛直肠直接损伤所引起，如分娩时会阴撕裂、手术损伤以及意外伤等，应强调在损伤后立即或在6～12个月内进行修补。
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