疼痛：通常是在活检部位有轻微钝痛，一般3—5天内消失，可能与穿刺损伤腰部软组织有关。在罕见的情况下出现肾绞痛。
感染：多与穿刺时消毒不严或原有肾内感染有关。
肾撕裂伤：为严重并发症，多因穿刺针刺入肾脏的瞬间患者屏气不当、说话、咳嗽或移动身体使肾脏位置改变被针划破。其表现为剧烈疼痛，严重血尿，或在肾周围形成大血肿。
血压及血色素很快下降。
如操作不规范、合理会出现损伤邻近器官：包括肝、脾、肠、胸膜等。
血尿：几乎所有的病人在肾活检后都有镜下血尿，少数严重出血者可输血处理并考虑到是否有肾周血肿或肾撕裂伤等严重并发症，应严密观察。
肾周血肿，大血肿表现为腰痛、胁痛、后转为下腹痛，有时以下腹痛更为明显，酷似阑尾炎。出血更多时可刺激后腹膜引腹胀、恶心、呕吐。
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