昆明医科大学第二附属医院（以下简称“昆医大附二院”）建院于1952年10月，原名为“昆明市工人医院”。1962年，更名为昆明医学院第二附属医院，2000年挂牌昆明医学院第二临床医学院，2009年和2015年分别加挂云南省泌尿专科医院、云南省肝胆胰外科医院牌子，2012年更名为昆明医科大学第二附属医院，2021年1月28日，昆明医科大学第二附属医院海口医院正式挂牌。经过几十年的发展，目前已成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的大型综合性医院，是卫生部首批评定的“三级甲等医院”，是“全国百佳医院”及国际紧急救援中心（SOS）网络医院，是人力资源和社会保障部、全国博士后管理委员会批准认定的博士后科研工作站，是国家脑卒中防治委员会授予的云南省首个“高级卒中中心”单位，是云南省卒中学会（一级学会）主委单位，是云南省泌尿系统疾病临床医学中心，云南省肝胆胰疾病临床医学中心，云南省重症医学临床医学中心，云南省康复临床医学中心建设地。
在一辈辈附二院人的奋斗下，如今医院科室齐全，学科优势突出。肝胆胰外科、泌尿、康复医学、烧伤、重症医学、骨科、微创、护理、消化、血液、神经内科等学科，已步入国内、省内领先行列，优势突出。1999年后率先在云南省开展了人同种异体原位肝脏移植、亲体部分肝移植、肝肾联合移植、心脏移植等移植手术，为云南省大器官移植的开展奠定了基础，培养了人才。医院现有62个临床和医技科室，2个国家临床重点专科建设项目（重症医学、泌尿外科），16个省级临床重点专科建设项目（护理专业、烧伤专业、神经内科专业、儿科专业、新生儿专业、消化专业、骨科专业、肾病专业、普通外科专业、产科专业、老年病科专业、麻醉专业、检验专业、康复科专业），是国家药物临床试验机构（16个专业），云南省继续医学教育基地（18个专业），云南省化学中毒救治基地、全科医师临床培训基地和云南省普外基地。目前，医院拥有云南省内第一台第四代Xi达芬奇手术机器人和第一台荧光腹腔镜，通过高端先进医疗设备的技术优势，进一步发挥好优势学科的带动作用，在智能医疗领域刻苦钻研探索，促进诊疗水平的不断提升，在改善患者就医感受、提高医疗服务质量中继续担当作为，更好地为人民群众健康保驾护航。
在一代代附二院人的努力下，如今医院教学相长，师资雄厚。医院是国家级住院医师规范化培训基地、国家级专科医师规范化培训基地、国家级临床药师规范化培训基地和云南省继续医学教育基地。医院现有博士生导师40人、硕士生导师220人，拥有二级学科博士学位授权点6个、临床医学博士专业学位授权点1个，硕士学位授权点25个。设有临床医学、医学检验技术2个本科专业、22个教研室，有国家级、省级特色专业各1个，承担着昆明医科大学本科生、研究生以及留学生的临床教学、实习和管理工作。每年在院本科生约1300人，研究生约700人，住院医师规范化培训学员约300人，留学生约60人。医院设有临床技能培训中心，面积约1600平方米，拥有20间技能室，近500套国内外先进的教学模型、设备，每年完成各类学员培训21000余人次；每年完成基层医院医师进修学习、全省全科骨干医生培训等500余人次，为云南省的社会经济建设、高等医学教育和卫生事业的发展培养了大批优秀的医学人才。
在日复一日的探索中，医院科研氛围浓厚，硕果累累。医院现有省级科技创新团队2个，云南省高校科技创新团队5个,云南省高校工程研究中心2个,云南省泌尿系统肿瘤重点实验室1个，云南省神经病理性疼痛诊疗工程研究中心1个。获云南省重大科技专项1项，院士/专家工作站18个,博士后科研工作站1个，云南省临床医学中心4个，云南省临床医学研究中心1个（泌尿系疾病），昆明医科大学重大科技成果培育项目4个。获云南省科技进步特等奖1项，先后6次获省级科学技术进步类一等奖。医院共有云南省肝胆胰外科、泌尿外科、烧伤、脑血管病4 个内设研究所和云南省分子诊断、康复医学、睡眠呼吸紊乱疾病、肝病、骨质疏松、神经创伤、脊柱侧弯与脊柱畸形、创伤外科、妇科宫颈阴道疾病、儿童呼吸系统疾病 防治、自身免疫性皮肤疾病、临床护理、重症医学、外科临床营养等14个内设研究中心。近5年获国家自然科学基金项目60项，省级科技计划项目181项。
医院中心实验室拥有流式细胞仪、激光共聚焦扫描显微镜等先进仪器设备，可开展细胞培养、免疫组化、PCR、ELISA、Western- blot、基因克隆、转染等一系列分子生物学实验。中心实验室拥有一支以博士、硕士为主的实验技术指导队伍，为全院医护人员提供了良好的科研平台。近期实验室将扩建至2000余平米，医院将继续投入2000余万元支持实验室扩建。
在年复一年的攀登中，医院人才辈出，结构合理。医院现有在岗职工3000余人，其中高级职称436人，具有研究生学位698人。有“首届兴滇人才奖”1人，国家“百千万人才”2人，“云岭学者”1人，“云岭名医”9人，“万人计划”名医28人，青年拔尖人才3人，云南省医学领军人才15人、学科带头人35人、后备人才25人，云南省中青年学术和技术带头人16人、后备人才7人，享受国务院特殊津贴19人，享受省政府特殊津贴20人，获云南省有突出贡献的优秀专业技术人才19人，获全国医院优秀院长2人，获全国“五一劳动奖章”1人，获全国教育系统先进个人1人，获抗击新冠肺炎疫情全国三八红旗集体1个。
随着代际相传，建院以来的优良传统得以很好地继承和积淀，淬炼出昆医大附二院充满人文关怀的价值体系和文化。全体附二院人将秉承“明德至善”的院训，倡导家园意识和“关爱生命，情系患者，诚信友爱，和谐发展”的价值观，始终坚持“以病人为中心，以提高医疗、教学、科研质量为根本，与人民健康同行”的宗旨，以崇高的医德、精湛的医术和高度的社会责任感承载生命的重托，主动服务和融入国家“一带一路”建设，构建养老、孝老、敬老的服务环境，更好地满足老年人的医疗健康需求，为推进医院高质量发展，为昆明医科大学“双一流”建设，为云南省的社会经济建设、高等医学教育和卫生事业的发展，为健康云南、健康中国的建设而接续奋斗。
