主要的原因有：
⑴ 神经内分泌性肥胖，这是一类由神经-内分泌系统疾病引起的肥胖，实际上是内分泌疾病的结果。引起成年人继发性肥胖的内分泌疾病主要是皮质醇增多症和甲状腺功能低减;而在儿童，继发性肥胖则主要是下丘脑疾病造成的，如下丘脑部位长了瘤子等等。有一种叫做胰岛素瘤的病，患者胰脏中长了瘤子，不停地分泌胰岛素，使这类患者经常处于低血糖的状态之下，不得不经常、大量地吃东西，也可引起肥胖。一些早期糖尿病患者的情况与此相同，他们体内有高胰岛素血症，老是感到饥饿难忍，不得不多食而造成肥胖。这些都属于神经内分泌性肥胖。
⑵ 伴有肥胖的遗传综合征：有些临床表现常常伴随着同时出现，病因不明，通常把这种情况说成是某某综合征。有些综合征常有肥胖，比如肌张力智力低下-性功能减退-肥胖综合征(Prader- Willi综合征)和色素视网膜炎-性功能减退-多指畸形综合征(Laurence-Moon-Biedl综合征)患者就常伴有肥胖。这些遗传综合征除了肥胖以外，还会伴有其他异常，譬如发育迟缓、性功能不全、肢体畸形、智力低下等等表现。
⑶ 医源性肥胖：有些患者既没有引起肥胖的原发疾病，也不是单纯性肥胖，他们的肥胖是服用了某些药物所引起的，一般管这种肥胖叫做医源性肥胖。能够引起医源性肥胖的药物包括糖皮质激素(强的松或地塞米松等)、酚噻嗪、三环类的抗抑郁药物、胰岛素等。另外，颅脑手术如果影响到下丘脑，也可以引起肥胖。由于医源性肥胖的原因很明确，所以有人把医源性肥胖也归入继发性肥胖之内。
