巴氏腺囊肿系因前庭大腺管阻塞，分泌物积聚而成。在急性炎症消退后腺管堵塞，分泌物不能排出，脓液逐渐转为清液而形成囊肿，腺腔内的黏液浓稠或先天性腺管狭窄排液不畅，也可形成囊肿。亦可因前庭大腺损伤，如分娩时会阴与阴道裂伤后瘢痕阻塞腺管口，或会阴侧切开术损伤腺管。
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