衣原体尿路感染的发病原因为易感人群中的衣原体感染。传播途径主要由性交传播，性关系混乱、开始性生活年龄过早，及不用安全套的不洁性交尤易传染。少数情况下，新生儿可通过感染本病的母亲分娩时经阴道感染而患病。
衣原体感染后主要侵犯黏膜，其对单层柱状上皮和移行上皮所形成的黏膜有亲和力，因而黏附到柱状上皮细胞的表面进行繁殖，并沿生殖道上行，通过柱状上皮细胞的吞噬作用而进入细胞内繁殖，导致细胞溶解破裂，引起局部急性炎症，出现充血、水肿、化脓和疼痛。
衣原体尿路感染未经治疗或治疗不彻底，男性患者可并发急性附睾炎，亦可并发前列腺炎及尿道狭窄，男性同性恋患者可发生直肠炎或咽炎。女性患者可并发急性输卵管炎、子宫内膜炎及盆腔炎，导致不育症和宫外孕。病菌又可以由孕妇传染给胎儿，令胎儿的眼睛或肺部受到感染。
衣原体尿路感染一般潜伏期1～3周，男性常感尿道刺痒及轻重不等的尿痛及烧灼感，疼痛较淋病轻，尿道口轻度红肿，常有浆液性或浆液脓性尿道分泌物，较淋病性尿道炎分泌物稀薄而少，或仅在晨起时发现尿道口有白膜形成。有的患者症状不明显或无任何症状，而往往被误诊。女性患者主要感染部位为子宫颈，尿道炎症状不明显，常表现为急、慢性宫颈炎和宫颈糜烂、白带增多或者轻度排尿困难和尿频，亦可完全无症状。
患者有临床症状及不洁性交史，尿道分泌物涂片镜检高倍镜下(400×)白细胞10～15个以上，油镜下(1000×)白细胞5个以上，无革兰阴性双球菌，即应高度疑诊此病。本病确诊需病原学检查，现多采用尿道分泌物涂片检查，若高倍视野下白细胞多于10个，同时无革兰阴性双球菌即应高度怀疑此病，通过用特异性单克隆抗体染分泌物涂片，免疫荧光或免疫酶标技术观察，阳性率可达90％以上。
衣原体对理化因子的抵抗力弱，在人体外仅存活很短时间，人与人之间的性传播是其主要的生存方式预防衣原体感染主要是避免性乱和积极治疗带菌者，对患者的配偶或性伴侣应双方同治，以防继续传播
衣原体尿路感染的临床检查手段主要有取尿道分泌物涂片镜检和病原学检查，具体如下：
1、取尿道分泌物涂片镜检
(男性患者可从阴茎根部向尿道口轻轻挤按尿道，以求获得较多分泌物；无分泌物患者留晨尿离心取沉渣镜检)，高倍镜下(400×)白细胞10～15个以上，油镜下(1000×)白细胞5个以上，无革兰阴性双球菌，即应高度疑此病。
2、病原学检查
沙眼衣原体培养需特殊实验条件，广泛应用较难，现多用特异性单克隆抗体染分泌物涂片，用免疫荧光或免疫酶标技术观察，阳性率达90％以上，核酸扩增法如聚合酶链反应(PCR)和连接酶链反应(LCR)有极好的敏感性。但PCR不推荐用于确诊病人是否治愈，至少不用于治疗结束2周以内的患者，因为对充分治疗的病例，PCR结果阳性的持续时间比培养法长。
衣原体尿路感染患者宜清淡为主，多吃蔬果，合理搭配膳食，注意营养充足。宜吃抗菌消炎、清热解毒、增强免疫力的食物；忌吃生冷、不容易消化的食物，如糯米饭、米粑、米糕；忌吃辛辣刺激的食物，如辣椒、花椒、胡椒；3忌吃油脂含量多的食物，如肥肉、猪油。
衣原体尿路感染的病因以湿热为主，病初多为邪实之证，久病则由实转虚。如邪气未尽，正气已伤，则表现为虚实夹杂的证候。
一、辩证治疗急性期尿路感染
急性期，包括急性尿路感染和慢性尿路感染急性发作期，临床上以尿频、尿急、尿痛、尿浊，或发热恶寒，偶见血尿为特征。
1、膀胱湿热
主证：小便频数，短涩刺痛，点滴而下，急迫灼热，溺色黄赤，少腹拘急胀痛，或发热恶寒，口苦呕恶，或腹痛拒按，大便秘结，舌红，苔黄腻，脉滑数。
治法：清热泻火，利湿通淋。
方药：八正散加蒲公英、石韦。木通6g，瞿麦10g，车前草15g，篇蓄10g，滑石30g，山栀10g，大黄6g(后入)，灯心草10g，生甘草6g，石韦30g，蒲公英30g
2、肝胆郁热
主证：寒热往来，口苦咽干，心烦欲呕，不思饮食，尿频而痛，溺色黄赤，少腹胀痛，舌红苔黄或腻，脉弦数。.
治法：清泻肝胆湿热。
方药：龙胆泻肝汤。龙胆草10g，柴胡12g，泽泻12g，车前子15g，木通6g，生地12g，当归15g，山栀10g，黄芩10g，甘草6g。
3、三焦湿热
症状：寒战高热，午后热盛，身重疼痛，胸闷不饥，口干不欲饮，脘腹痞满，时感恶心欲吐，小便浑浊，苔黄厚腻，脉濡数或滑数。
治法：宣利三焦，清化湿热。
方药：三仁汤加味。杏仁10g，生薏苡仁30g，白蔻仁12g，厚朴10g，制半夏12g，白通草6g，飞滑石30g，竹叶9g。
二、辨证治疗缓解期的尿路感染
缓解期是急性症状已缓解，病程在6个月以上，小便涩痛不甚显著，时作时止，感腰痛，疲乏无力，常因劳累或感冒引起急性发作.
1、脾肾气虚
主证：倦怠乏力，纳呆腹胀，腰酸腰痛，尿频清长或夜尿多，大便稀软，时感小便涩滞，时作时止，舌淡苔薄白，脉沉细无力。
治法：益气健脾补肾，佐以利湿。
方药；清泉饮(自拟方)。党参15g，黄芪15g，山yao15g，茯苓15g，枸杞15g，菟丝子12g，薏苡仁30g，车前子15g(布包)，石韦30g，甘草3g。
2、肝肾阴虚
主证：头晕耳鸣，甚则头痛，潮热盗汗，口干唇燥，腰酸痛，小便短赤而黄，舌质偏红苔薄黄或少苔，脉沉细或弦细
治法：滋阴清热利湿。
方药：知柏地黄汤合二至丸加味。知母9g，黄柏9g，熟地12g，山yao15g，山萸肉9g，牡丹皮12g，茯苓15g，泽泻12g，女贞子12g，旱莲草12g，车前子15g(布包)，益母草18g。