早晨肚子疼腹泻上完厕所就不疼了，可能是由于肠易激综合征、慢性结肠炎等疾病引起的，可以根据医生的指导，进行一般治疗或者药物治疗，在治疗期间做好腹部的保暖措施，不要使腹部受凉，防止病情加重。
1、肠易激综合征。肠易激综合征发作的具体病因尚不明确，可能是由于多种因素共同作用，比如食物过敏、食物不耐受等，经常表现出的症状有腹痛、便秘、腹泻、腹胀、消化不良、乏力等，也会出现早晨肚子疼腹泻上完厕所就不疼了，可以在医生的指导下口服药物治疗，常见的有马来酸曲美布汀片、双歧杆菌三联活菌胶囊等。
2、慢性结肠炎。慢性结肠炎一般是指由于多种不同的因素引起的结肠发生慢性炎症，可能是由于感染、环境、遗传等原因引起的，经常会表现出腹痛、腹胀、腹泻等不良症状，在早晨肚子疼腹泻上完厕所就不疼了，建议根据医生的指导口服药物治疗，常见的有柳氮磺吡啶肠溶片、多潘立酮片等。