种痘并发症一般可归纳成四种。牛痘病毒引起的皮疹，痘苗中蛋白质引起过敏性发疹，种痘合并细菌感染和种痘引发或加剧其他皮肤病。继发性种痘疹因操作不慎或误将痘苗玷污正常皮肤或黏膜引起的痘疮。由于搔抓等原因将痘苗接种在原有皮肤病上引起的发疹，如发生在婴儿期的遗传过敏性湿疹上的牛痘样湿疹。在种痘后数天发病，表现为接种处皮肤坏死。泛发性牛痘疹，在种痘后数天到2周内发病。全身散在发疹，从丘疹演变到水疱和脓疱，成批发出，从数颗到数十颗。口腔黏膜亦可累及，可伴有发热，大约3周痊愈。其发病机制是由于种痘后患者形成特异性抗体的时间比较迟缓（正常人约1周），接种的病毒经血液播散而发病。
种痘并发症偶可起脑炎、脊髓炎、周围神经炎、关节炎、脾大、全身淋巴结肿大、血小板减少性紫癜等。坏疽性牛痘疹常因并发败血症而死亡。
种痘并发症因接种减毒痘病毒疫苗后在皮肤黏膜上发生的异常反应，本病的临床表现具体如下。
一、牛痘病毒引起皮疹
1、继发性种痘疹：因操作不慎或误将痘苗玷污正常皮肤或黏膜引起的痘疮，如痘苗溅入角膜，发病后可影响视力，甚至造成失明。亦可见于唇、舌和其他部位皮肤，有时继发于初种部位的周围，排列成卫星状，从单颗到数十颗，多数在2周内消退，少有超过1个月的。
2、由于搔抓等原因将痘苗接种在原有皮肤病上引起的发疹：如发生在婴儿期的遗传过敏性湿疹上的牛痘样湿疹，也有发生在其他皮肤病如脂溢性皮炎，外阴瘙痒症，马桶皮炎等皮损上的，这些病人对牛痘病毒的免疫力甚低或没有免疫力。通常是发生在以往未种过牛痘的婴幼儿，或虽种过痘，但相隔已久，免疫力已全部或部分消失的成人。也有因搔抓或密切接触，接种到自身或他人正常皮肤上引起发疹。
3、坏疽性牛痘疹：在种痘后数天发病，表现为接种处皮肤坏死，坏疽性损害不断向周围呈渐进性扩大，形成有脐凹的厚壁水疱和脓疱融合组成的灰白色坏死组织或溃疡，有时在其他远隔部位出现迁徙性痘疮，伴有高热，常因并发败血症而死亡。这类牛痘疹的产生是由于患者血中丙种球蛋白测定含量虽属正常，但由于质的缺陷，不能形成足够抗牛痘病毒的特异性抗体，故抵抗感染能力甚差。临床上痘疮呈渐进性扩大，组织坏死或病毒进入血流造成迁徙性病灶。另有人认为，坏疽性牛痘疹的形成，除体液抗体形成问题外，还有细胞免疫问题，只有两者全受障碍，才能造成该类严重并发症。
4、泛发性牛痘疹：在种痘后数天到2周内发病，全身散在发疹，从丘疹演变到水疱和脓疱，成批发出，从数颗到数十颗，口腔黏膜亦可累及，可伴有发热，大约3周痊愈。其发病机制是由于种痘后患者形成特异性抗体的时间比较迟缓（正常人约1周），接种的病毒经血液播散而发病，以后随着机体逐渐产生特异性抗体，即可逐渐痊愈。
二、痘苗中蛋白质引起过敏发疹
本组疹型多见于复种病例，最常见的为多形红斑型，表现为绿豆到黄豆大斑疹、丘疹、水疱甚至大疱。带水肿性，中央微凹陷，呈淡红至暗红，分布以面和四肢远端为主，伴有发热，在2～3周痊愈，蔷薇疹表现往往在接种后8～9天发生，从种痘部位周围开始，迅即波及全身。基本损害为斑疹，略带水肿性，呈蔷薇红色，散在分布或融合成片，伴有发热。3～5天消退，其他尚有麻疹样、猩红热样、荨麻疹、紫癜等疹型。
三、种痘合并细菌感染
如脓疱疮、疖、蜂窝织炎、淋巴管炎，偶见寻常狼疮，细菌从接种处皮肤伤口进入体内引起。
四、种痘引发或加剧其他皮肤病
曾有报道在接种后数周发生大疱性皮肤病如天疱疮、疱疹样皮炎、湿疹或银屑病等，原有湿疹、银屑病或天疱疮的患者可在接种后加剧。
种痘并发症的预防在于种痘时需无菌操作，接种处保持清洁，避免搔抓，痘苗勿溅入眼、口或污染他处皮肤注意痘苗批号，对反应较多的批号要停用检查当发生下面情况时避免种痘
1、有湿疹或过敏性体质者或患其他皮肤病如神经性皮炎、脓皮病、水痘、发疹性疾病、单纯疱疹者等
2、免疫缺陷如生理性低丙种球蛋白血症、异常丙种球蛋白血症、恶性肿瘤、任何疾病引起暂时或永久免疫损伤、用激素及免疫抑制疗法者
3、神经性疾病如惊厥、脑卒中、种痘后脑炎家族史，以及任何慢性、静止或进行性神经系统疾病
4、急性发热性疾病及β溶血性链球菌感染
5、孕妇初种，特别是怀孕3个月内，可致胎儿发生致命性泛发性牛痘疹，故在孕期禁忌初种
种痘并发症因接种减毒痘病毒疫苗后在皮肤黏膜上发生的异常反应称为种痘并发症。种痘并发症需结合患者的实际情况定夺检查事项，通常先做皮肤检查。
种痘并发症患者饮食宜清淡为主，注意卫生，合理搭配膳食。患者宜多吃具有清利湿热作用的食物，而且还要忌烟酒，忌辛辣刺激性食物。
种痘并发症根据不同类型分别处理，具体治疗方法如下。
一、对病毒引起的皮疹
1、牛痘样湿疹、泛发性牛痘疹、坏疽性牛痘疹患者可用干扰素和干扰素诱导物及转移因子、人血丙种球蛋白或冻干人胎盘血丙种球蛋白（胎盘球蛋白）肌内注射、输入新近种痘者（4～8周内）血清和其他支持疗法。有发热和皮损广泛者，并用金霉素等抗生素治疗。
2、发生在角膜上的痘疮，需积极处理。局部以0.1％碘苷溶液（疱疹净）和0.5％金霉素滴眼液，每隔1h做轮换滴眼，并肌内注射冻干人胎盘血丙种球蛋白（胎盘球蛋白）或人血丙种球蛋白。
二、对过敏性皮疹
1、抗组胺类药物。
2、维生素C1g，静脉注射，每天1次。
3、重症患者可用皮质激素。