肝囊肿大多为先天性，系肝内胆管或淋巴管发育障碍所致。在胚胎发育时期，多余的胆管自行退化而不与远端胆管连接；若肝内多余胆管未发生退化和吸收，并逐渐呈分节状和囊状扩张而形成囊肿。多囊肝常伴有多囊肾、胰腺囊肿、肺或脾囊肿及其他畸形，亦可作为其先天发育异常的佐证。多囊肝可发生于同一家族的不同成员，因而多囊肝的发生可能与染色体隐性遗传有关，单发性肝囊肿的发生被归因于异位胆管。认为这类囊肿起源于肝内迷走畸变的胆管或先天性肝内胆管性上皮增生闭塞，导致管腔内容物停滞潴留而成。
1、囊内出血：最多见的并发症是囊内出血，临床表现为突然剧烈的腹痛及囊肿增大，这种并发症几乎均见于50岁以上的妇女，但极少数病人腹痛则较为轻微，甚至没有，出血时超声下观察到囊内容物呈流动性。
2、囊肿破裂或感染：囊肿破裂，囊内并发感染时，尚可出现寒战，高热；压迫十二指肠尚可形成内瘘；门脉高压等，
3、囊肿蒂扭转：可引起剧烈腹痛。
4、癌变：1977年Kasai等报道了3例肝囊肿壁上发生癌变，指出如果发现囊肿内容混浊，囊壁有不规则结节时应警惕恶性变的问题。
5、其他：另外多发性囊肿尚可合并胆管狭窄，胆管炎。
非寄生虫性肝囊肿患者如囊肿较小，多无明显症状，较难作出诊断，常在体检、腹部手术时发现；囊肿较大时，可出现右上腹不适、隐痛，餐后饱胀感等，肝脏肿大和右上腹肿块，触之呈囊性感，无明显压痛，多发性肝囊肿的肝表面可触及散在的囊性结节，如囊内出血、合并感染或带蒂囊肿扭转时，可有急腹症表现。
预防非寄生虫性肝囊肿应定期对肝脏、肾、胰腺、卵巢、肺等脏器官等的检查，还要注意以下几项
1、应注意休息：肝囊肿患者应注意休息，避免过劳或过累，加重肝脏损伤
2、要禁忌饮酒：少吃辛辣、油炸食品，还有过甜的食物；忌盲目进补，或不要随意轻信广告宣传的补品，以免损害肝脏或增加肝脏负担
3、多吃红色蔬菜：重点推荐胡萝卜、西红柿、红枣、火龙果等红颜色的蔬菜水果多喝水多喝水可增强血液循环，促进新陈代谢，还可促进腺体，尤其是消化腺和胰液、胆汁的分泌
4、多吃含优质蛋白质高的食物：注意高纤维、高维素食物的补充及低脂肪、适当的糖饮食；不偏食，五谷杂粮、新鲜蔬菜和水果、牛、羊、猪的瘦肉、禽蛋类、牛奶、鱼虾等均可食用
非寄生虫性肝囊肿应该做B型超声、X线检查及CT检查，具体如下：
1、卡松尼试验阳性。
2、B型超声检查可确定囊肿大小，部位及数目。
3、肝核素扫描肝区可显示占位性病变（囊肿直径〉2～3cm者）。
4、X线检查常可显示肝影增大，膈肌升高和胃肠道受压移位等征象。
5、CT检查有助于诊断和鉴别诊断。
非寄生虫性肝囊肿除了一般治疗外，还可以通过食疗的方法来缓解症状，食疗方如下。
1、鸭粥：取鸭血100克，鲫鱼100克，白米100克同煮粥服食。
2、鸡肝粥：取新鲜鸡肝3个，大米100克，同煮为粥服食。
3、银耳鸭蛋羹：鸭蛋1个、银耳10克、冰糖适量。将银耳用温水泡发、去杂、洗净，放锅中加水煮，煮一段时间后将鸭蛋打入碗中搅匀，倒入粥中煮沸，加入冰糖稍煮，盛入碗中即成。
4、淮山止咳饮：淮山60克、生鸡蛋150克、甘蔗汁50毫升、酸石榴汁20毫升。将淮山去皮切成薄片，放入沙锅内加水适量，煎煮30分钟，稍凉后，过滤取汁。在淮山汁中加入甘蔗汁、酸石榴汁、蛋黄，煮沸即可。
5、五汁饮：马蹄、梨各150克，藕、芦苇茎各100克，麦冬20克。将马蹄去皮绞汁、梨藕洗净绞汁备用；芦苇、麦冬洗净，水煎各取汁100毫升备用，最后将5种汁混合即成。
非寄生虫性肝囊肿的治疗包括一般治疗及手术治疗，具体如下：
一、一般治疗
（1）囊肿直径
（2）单发性囊肿直径5～10cm者或多发性肝囊肿，有2个直径>5cm者，可考虑手术治疗。有腹部包块、疼痛或压迫症状明显，或有并发症时，应考虑手术治疗。
（3）年迈体差或重要脏器功能明显异常者，决定手术治疗时要慎重。合并多囊肾而肾功能严重损害者，一般不宜手术。
二、手术治疗
对于孤立性肝囊肿除非发生囊肿破裂囊蒂扭转，或囊内出血等并发症进行紧急手术治疗外，择期手术需要根据囊肿的大小部位病人的全身情况，自觉症状而定。体检中偶尔发的无症状的孤立性肝囊肿，可暂时采用保守治疗，利用超声检查，定期观察需要警惕恶变的发生大的肝囊肿，有症状出者最好施行手术治疗，因为穿刺抽液等保守疗法一般容易复发，并且带来细菌污染。可多囊肝通常应采取非手术治疗。由于其病变累及整肝脏，除非采用肝移植，否则不根治本病然而多囊肝，一旦由于肝肿大压迫胸腹部，影响呼吸循环时需考虑手术，减轻压力可根据具体条件用下手术方法：
（1）囊肿穿刺抽液术：在B型超声监控引导下经皮囊肿穿刺，抽尽囊液。此法操作简单，可重复穿刺或穿刺后置管。穿刺前须除外肝包虫囊肿后方可实施。应严格无菌技术，避免囊内出血及脓肿形成。
（2）囊肿摘除术：容易剥离的单发性囊肿可采用此种手术，治疗较彻底。
（3）囊肿“开窗”术：用于囊肿位于肝的浅层且无感染或胆管与囊肿无交通的情况。切除部分囊肿顶壁（即“开窗”），吸净囊液，使囊腔向腹腔内开放。若囊肿并发感染或囊内有陈旧性出血时，开窗后清理囊腔，并将部分带蒂大网膜填塞囊腔，腹腔内“烟卷”引流。若囊液染有胆汁时，清理囊腔，确定无继续漏胆后，按上述方法行大网膜堵塞囊腔。
（4）囊肿内引流术：用于囊腔内有溢漏胆汁又不易找出胆管开口或囊壁较坚厚及感染严重的囊肿。
（5）非典型肝部分切除并用囊肿“开窗”术：弥漫性肝囊肿某一叶囊肿密集、压迫致使该叶肝实质明显萎缩，可行非典型部分切除术，而其余肝囊肿并用“开窗”术。
（6）囊肿外引流术：囊肿感染而又不易耐受其它较复杂手术时，可行暂时性外引流术，但易形成长期不愈的外瘘，往往需二期手术。
（7）多囊肝的手术：除非病变局限于肝的一叶且伴有症状，或疑有恶变者，一般多不主张手术治疗，多囊肝当发其中个别囊肿增大，迅速压迫邻近脏器，严重影响病人日常生活，或心肺功时，可对较大的囊肿进行反复穿刺抽液，如果病人全身情况良好，肝功正常，也可作开窗术，减轻压力缓解症状，促使肝细胞再生有条件者，可进行肝移植彻底根治本病。
（8）多囊肝合并多囊肾的治疗：多囊肝的治疗参照上方案多囊肾，没有症状时可观察并定期复查，肾功若出症状（如腰痛、血尿、高血压、肾功衰竭等）则需要手术治疗，包括穿刺或切开囊肿，降低囊肿压力，有时可以延缓病变的进展，肾功衰竭必要时进行透析疗法，根治的方法需要肾移植。