小儿甲状腺疾病根据临床分型不同，病因也不同。
1、单纯性小儿甲状腺肿
单纯性小儿甲状腺肿的病因与饮食中缺碘(如山区)和在某些情况下(如妊娠期，生长发育期)对碘的需求量增加有关。单纯性甲状腺肿病人一般颈部可以发现肿大的甲状腺，B超也可以证实甲状腺肿大，但甲状腺内没有结节。单纯性甲状腺肿病人甲状腺功能是正常的，这和甲亢和桥本氏甲状腺炎所引起的甲状腺肿可以区别。
2、结节性小儿甲状腺肿
是最常见的一种小儿甲状腺疾病。其病因不是十分清楚，可能与内分泌紊乱、高碘饮食、环境因素、遗传因素和放射线接触史等有关。
小儿甲状腺疾病是多种原因造成的甲状腺功能增强、减弱，合成和分泌甲状腺激素过多、过少，所导致的一种常见内分泌疾病，如不及时治疗，可能一起诸多甲状腺类疾病，主要并发症：
1、单纯性甲状腺肿。
2、甲状腺功能减退。
3、甲状腺结节、甲状腺瘤。
4、急性化脓性甲状腺炎。
5、亚急性甲状腺炎。
6、慢性淋巴细胞性甲状腺炎(桥本甲状腺炎)。
7、慢性纤维性甲状腺炎.
小儿甲状腺疾病临床表现为甲状腺肿大，并可见到触及大小不等的多个结节，结节的质地多为中等硬度。临床症状不多，仅为颈前区不适。甲状腺功能多数正常，但部分患者会出现继发性功能亢进。
对于儿童甲状腺疾病来说，尽量避免儿童期头颈部X线照射，同时注意碘的摄入孕妇在怀孕期间也应注意碘的摄入和避免X射线照射，以免对新生儿产生影响
临床上对于儿童甲状腺疾病的检查主要分为两步：检查甲状腺功能是否异常和鉴别甲状腺疾病的种类。
1、诊断甲状腺功能异常的检查：甲状腺吸131碘率；甲状腺抑制试验；促甲状腺激素释放激素试验。
2、鉴别甲状腺炎的种类：甲状腺球蛋白抗体；甲状腺微粒体抗体；甲状腺组织活检。
3、诊断甲状腺肿瘤或观察甲状腺形态：甲状腺同位素扫描；甲状腺超声波；甲状腺组织活检。
甲减患儿平时应该补充丰富的维生素，纠正患者贫血病情，有贫血者应补充富含铁质的饮食、补充维生素B12，如动物肝脏，必要时可以进行补充叶酸、肝制等。
1、补充碘盐，对于地方性甲状腺肿大流行的地区，要进行碘盐的补充，特别是对于生育期的妇女来说，应该做好防止由于母体缺碘而导致子代患上克汀病的措施，防止甲减疾病的产生。
2、甲减患儿要限制脂肪和富含胆固醇的饮食，原发性甲减患者通常会伴有高脂血症，故应限制脂肪饮食。甲减患儿还应该供给足够的蛋白质，维持人体蛋白质平衡，改善患者病情。
小儿甲状腺疾病分为单纯性小儿甲状腺肿和结节性小儿甲状腺肿两类，分别有不同的治疗方法。
1、单纯性小儿甲状腺肿
单纯性甲状腺肿患儿不需手术治疗，只需补充甲状腺素制剂治疗即可。一般服药一段时间后肿大的甲状腺会自行消退。目前，国内使用的甲状腺素制剂主要为两种，一种是甲状腺素片，40mg/粒；一种是左甲状腺素纳片(如优甲乐和雷替斯)，50ug/粒或100ug/粒。甲状腺素片是从猪的甲状腺内提取的动物制剂，比较粗糙，纯度不是很高；左甲状腺素片是人工合成的制剂，纯度比较高。
2、结节性小儿甲状腺肿
结节性甲状腺肿如果要治愈，只有手术治疗，但并不是所有的结节性甲状腺肿都需要手术治疗。一般结节性小儿甲状腺肿中的结节至少超过20mm或怀疑恶性或出现压迫情况或位于胸骨后或继发甲状腺功能亢进或影响美观、工作和生活者才考虑手术。如果未出现上述情况，建议每隔半年B超随访即可。药物对治疗结节性甲状腺肿效果不好。