1、感染因素
早期曾认为与病毒和细菌感染有关，但都没有确凿的证据。
2、精神神经因素
患者因环境、家庭、工作，个人生活等各方面原因，身心活动受影响，精神受到创伤，紧张、焦虑、抑郁等，使机体发生心理、病理、生化代谢等一系列变化、产生失调紊乱而致病。
3、内分泌因素
本病女性患者较多，病情波动与妊娠、更年期以及一些影响内分泌功能的药物有关。患者雌二醇，睾酮含量多低于正常人。
4、微量元素
在检测患者头发微量元素时，发现锌、碘等，均低于正常，而镍高于正常。
5、系统性疾病因素
扁平苔藓患者多伴有各种不同的全身性疾病或症状，不少患者发病及病情发展与某些系统疾病存在有关，如糖尿病、肝炎、高血压、消化道功能紊乱等。
6、局部刺激因素
不同金属修复体在口内形成电位差。另外，充填物的刺激等，可引起口腔黏膜苔藓样改变。
7、遗传因素
有人发现本病有家族史倾向，不少学者进行了家系发病研究，但系谱分析不符合单基因遗传规律。现多从HLA（人类白细胞抗原）方面进行研究。在家族性扁平苔藓患者所携带的HLA型基因，明显高于非家族性扁平苔藓的对照组，说明扁平苔藓发病可能与遗传因素有关。
8、免疫学因素
现多认为扁平苔藓为免疫功能低下引起，可导致对一种未明病毒易感性，并提出患者存在体液免疫紊乱。另有学者考虑糜烂型扁平苔藓IgA水平较高，有免疫复合物沉积于基底膜区，说明在扁平苔藓发病过程中，有细胞免疫参与。
舌尖病变较少见，可侵及舌系带。
舌系带，俗称舌筋，即孩子张开口撬起舌头时在舌和口底之间的一薄条状组织。前面与下颌中切牙间的舌侧牙龈相连，后面与舌腹相连。
正常舌系带是位于口底前方舌尖下面正中的粘膜皱襞。在新生儿时期的舌系带是延伸到舌尖的或接近舌尖。
在舌的发育过程中，系带逐渐向舌根部退缩。正常儿童2岁以后舌尖才逐渐远离系带。在少数发育不正常情况时才出现舌系带过短。
舌部扁平苔藓约占口腔病变的44％，病变多发生于舌前2/3区的舌尖，舌缘及舌腹部，舌背早期损害为丘疹状，灰白透蓝，有丝状乳头受累，逐渐形成圆形或椭圆形灰白色斑块，触之有粗糙感，舌乳头萎缩后，成为鲜红或暗红色平滑斑，可发生糜烂，舌背病变也可有乳头增殖角化和部分萎缩的混合病变，病变若角化增生明显，则易与白斑混淆，舌腹部病变多呈网状，树枝状或条纹状，舌尖病变较少见，可侵及舌系带，舌缘腹侧病变长期充血有溃疡者，应随诊观察，必要时活检排除癌变。
要消除精神紧张，保持心情舒畅，避免抑郁不乐、思念思虑过度；并且力求生活有规律；同时要建立良好的口腔卫生习惯；去除病灶，治疗患牙，刮除磨牙颊面的牙石，去除或更换能引起电位差的不良修复体；避免牙刷毛等刺伤局部粘膜；饮食应清淡可口，富有营养不可过食膏粱厚味、煎炸炙烤之品，禁酒戒烟，忌食辛辣还要积极治疗全身疾病，如纠正高黏血症，调节月经，调理肠胃消化功能等等
口腔内窥镜的出现，为口腔方面的检查和治疗带来了新的模式，当患者的病变景象展示在患者面前时，无需更多的描述或专业知识。患者也能理解治疗的迫切性。
1、口腔内窥镜正常值：正常人的口腔平整、光洁、滑润、口腔粘膜呈粉红色。
2、口腔内窥镜临床意义：医师可以在清晰直观的图像的辅助下，进一步发现患者口腔病变，及时采取的各种治疗措施。异常结果由疾病引起的异常征象，比如口腔粘膜红肿、起水疱、发生溃疡或出现斑点等。
食疗方
1、柳根煮瘦肉：柳根，瘦猪肉，加清水适量煮汤，用食盐调味，喝汤吃肉，有祛风清热、滋阴润燥、消肿止痛的作用。民间用以治疗胃热风火牙痛，牙龈炎等症。
2、绿豆鸡蛋饮：取绿豆，鸡蛋，把鸡蛋搅成糊状，将绿豆加水，放在火上煮沸至半熟，用绿豆汤水冲鸡蛋花饮用，每日早晚各1次，是治疗口腔扁平苔藓的验方。
1、去除各种不良刺激，如去除牙垢，修正锐利牙齿及不良修复体。
2、保持口腔卫生，可用0.05％洗必泰液含漱。
3、局部炎性病变，可涂以皮质激素软膏或膜剂。长期糜烂不愈者可用醋酸氟美松液2～5ml，加等量2％普鲁卡因，或醋酸强的松龙混悬液（25mg/ml）0.5～1.0ml，于病变基底处注射。3～7天注射一次，2～5次可消除炎症。
4、维生素甲酸，可以口服，因副作用大，现多局部外用，糊剂浓度为0.1％～0.3％，局部涂抹每日一次，亦可配合激素软膏。
5、长期不愈的局限的孤立病变，可手术切除，或氦氖激光照射，或液氮冷冻治疗。