角膜基质炎的病因可能与细菌、病毒、寄生虫感染有关。梅毒螺旋体、麻风杆菌、结核杆菌和单纯疱疹病毒感染是常见的病因。虽然致病微生物可以直接侵犯角膜基质，但大多数角膜病变是与感染原所致的免疫反应性炎症有关。
梅毒螺旋体是梅毒的致病因子，这种螺旋体呈蜗牛状，直径小于0.2m，长度5～10m。体外培养困难，只能在实验动物体内培养。根据不同的感染途径分为先天性和后天性两种，先天性梅毒是通过胎盘或分娩时直接接种于新生儿，后天性梅毒来源于活动性下疳的黏膜接触感染。
结核杆菌是角膜基质炎不太常见的病因，结核蛋白是细胞壁的成分，为免疫反应提供了抗原刺激物质。麻风杆菌和结核杆菌同是一种耐酸杆菌。在美国，麻风病非常罕见，而我国近年来多数省份已很少见。
角膜基质炎的并发症有脉络膜视网膜炎、视神经萎缩、耳聋等。
1、视网膜炎 引视网膜炎以视网膜组织水肿、渗出和出血为主，引起不同程度的视力减退；一般继发于脉络膜炎，导致脉络膜视网膜炎症。病因分外源性和内源性的。眼观症状不明显，主要表现为视力减退，甚至失明。
2、视神经萎缩 不是一种单独的疾病，它是视神经各种病变及其髓鞘或视网膜神经节细胞及其轴突等的损害，致使神经纤维丧失、神经胶质增生的最终结局，为病理学通用的名词。一般发生于视网膜至外侧膝状体之间的神经节细胞轴突变性。由于神经纤维的蜕变及萎缩，病人多有视功能的减退、视野的缩小。
3、耳聋 一般认为语言频率(0.5，1.2Hz)平均听阈在26dB以上，即有听力障碍，听力损失在70dB以内者称重听，在70dB以上者为聋，临床上习惯统称为聋。
角膜基质炎一般临床表现为眼部有疼痛，流泪及畏光，伴有水样分泌物和眼睑痉挛，视力轻度到重度下降，睫状充血等。
1、梅毒性角膜基质炎：
先天性梅毒性角膜基质炎，是先天性梅毒最常见的迟发表现，由胎儿在母体内感染，多在青少年时期（5～20岁）发病，成年后发病者极少见。发病初期为单侧性，数周至数月后常累及双眼。可发生于任何种族，女性多于男性。起病时可有眼痛、流泪、畏光等刺激症状，视力明显下降。裂隙灯检查见角膜基质深层有浓密的细胞浸润及水肿，多从周边向中央扩展，病变的角膜增厚、后弹力层皱折，外观呈毛玻璃状。常伴有虹膜睫状体炎。炎症持续数周或数月后，角膜浸润和水肿逐渐吸收，新生血管在角膜板层间呈红色毛刷状，可延及角膜全周。炎症消退后，多数患者角膜可恢复透明，少数可遗留厚薄不等的深层瘢痕。萎缩的血管则在角膜基质内留下幻影血管，表现为灰白色纤细丝状物。还常合并其他的先天性梅毒病体征，如Hutchinson齿、马鞍鼻、口角皲裂、马刀胫骨等。
2、结核性角膜基质炎：
结核是引起基质炎的另一个原因，其基质浸润常表现为扇形、周边性、单侧性、且较为表浅。
角膜基质炎是发生在角膜基质内的一种炎症，不形成溃疡是其特征以胎传性梅毒感染引起的最为典型，经常波及双眼，主要发生于少年，目前国内已极罕见结核、风湿、麻风等疾病亦可波及眼部而发生角膜基质炎患眼有怕光、流泪、眼痛、异物感和视力减退等症状眼睑常处于痉挛状态，难以自行睁开角膜混浊一般从边缘部开始，逐渐向角膜中央扩展；炎症高潮时，角膜因肿胀而变得很厚，但从不出现溃疡本病暂无有效预防措施，早发现早诊断是本病防治的关键
角膜基质炎的检查主要针对梅毒及结核等进行实验检查，如梅毒血液学检查的补体结合试验和沉淀试验以及结核菌毒试验等。
角膜光镜检查显示在角膜基质层内有局限性或弥漫性的淋巴细胞浸润，同时可对于麻风患者进行皮肤结节的病理学检查，以明确诊断。
中医认为角膜基质炎证候属实热，饮食可适当增加滋阴降火，清肝明目的食物，如莲子、百合、梨等。对于年老患者，中医认为脾胃虚弱，运化无力，气血容易亏损，宜食清淡、温热、熟软之品，忌食生冷、粘硬、不易消化之品。
角膜基质炎的治疗方法根据病因、症状不同，采取不同的方法。
1、药物治疗
针对病因全身给予抗梅毒或抗结合治疗。
2、眼部治疗
伴有虹膜睫状体炎，需1％阿托品眼液或眼膏散瞳；点用糖皮质激素可以减轻角膜炎症及症状，但要持续使用，防止症状反复。
3、患者畏光强烈，可戴深色眼镜。
4、角膜移植
用于角膜瘢痕形成造成视力障碍者。