新生儿细菌感染后通过及时的抗感染治疗大多不会留下后遗症，但对于部分存在严重颅内感染、严重肺炎、肾炎、心肌炎等患儿也可能留下肺功能衰竭、心功能不全、肾脏功能不全、癫痫等后遗症，影响宝宝正常的智力发育与日后生活质量。因此建议家长发现宝宝存在细菌感染、发热症状时，应当将宝宝送至医院进行抗感染和退烧治疗，常用抗细菌感染药物包括青霉素、红霉素、阿奇霉素、头孢菌素等，常用的退烧药物包括布洛芬、对乙酰氨基酚等。
若宝宝由于细菌感染导致后遗症，应当对后遗症的患儿给予支持治疗，改善后遗症症状。如心功能不全后遗症患儿给予强心药物、利尿药等治疗，如地高辛、硝普纳、呋塞米等；对于肾功能不全后遗症患儿，可使用保护肾脏药物、降压药、利尿药等治疗，包括卡托普利、贝那普利、ACEI降压药、呋塞米等；对于癫痫后遗症患儿，可使用丙戊酸钠、卡马西平、奥卡西平、拉莫三嗪等进行抗癫痫治疗，小儿的具体用药要严格遵照医嘱，家长不能够擅自乱用或停药。