通常来说，益生菌成人长期吃是有副作用的。长期使用益生菌，肠道会处于懒惰的状态，使肠道功能逐步丧失或者退化，而且停止使用后容易出现益生菌依赖症状。所以不建议长期吃益生菌，平常可以食用富含益生菌的食物，如奶酪、酪乳、红酒、开心果、香蕉、蜂蜜、燕麦等。
益生菌主要是用于调节肠道菌群，保持菌群平衡，恢复肠道功能，改善腹痛、腹泻、腹胀、便秘等临床症状。一般临床上常用的益生菌类药物有地衣芽孢杆菌活菌颗粒、酪酸梭菌二联活菌散、双歧杆菌活菌散等。有免疫缺陷的人群不建议服用益生菌，以免造成人体免疫功能退化、免疫不全等情况，对机体造成危害。另外，益生菌不能与抗生素同时服用，服用益生菌和抗生素间隔的时间不应短于2小时-3小时。服用益生菌的同时还需要注意饮食，不能吃的太多、太杂，不能吃生冷、辛辣、油腻、刺激性的食物。