3岁宝宝发烧39.4℃可能是由于扁桃体炎、肠道感染等现象引起的症状，需要根据具体症状在医生指导下选择口服药物治疗。
1.扁桃体炎。扁桃体部位若受到细菌或病毒感染，会引起扁桃体急性炎症发作，从而导致宝宝发烧39.4℃，可能还会伴随有畏寒、口水增多、拒绝进食、呕吐、昏睡等现象，需要及时在医生的指导下口服罗红霉素颗粒、阿奇霉素干混悬剂等药物治疗，在口服药物期间，建议同时多喝热水有助于加速人体的代谢，促进发烧后体温的下降。
2.肠道感染。胃肠道若受到细菌或者是病毒感染，会引起肠胃急性炎症，此时会导致宝宝出现高烧，同时还会引起腹泻、肠鸣、腹痛、呕吐等症状，建议遵医嘱口服猴耳环消炎颗粒、布洛芬颗粒等药物治疗。