拔完智齿第三天晚上疼醒，可能为拔牙后正常现象或伤口感染等原因导致的，建议及时去医院就诊，明确病因，在医生指导下，使用药物或改善日常生活进行调理。
1、正常现象
部分人群对疼痛较为敏感，因此可能在拔完智齿第3天仍然有疼痛感。若疼痛较为剧烈，建议及时去医院就诊，在医生指导下使用止痛药物，缓解疼痛，临床常用止痛药物有布洛芬缓释片、洛索洛芬钠片等。同时还应注意，在拔完智齿后，日常饮食应避免食用刺激性食物，以免加剧疼痛。
2、伤口感染
若拔完智齿后，口腔卫生习惯不良导致细菌侵入伤口，引起感染，也可出现剧烈疼痛。治疗口腔内伤口感染，应遵医嘱使用甲硝唑片或罗红霉素分散片等。同时患者还应注意日常生活保持口腔清洁，在进食后通过漱口或刷牙等方式，减少食物残渣残余，以免加重伤口感染的症状。