一般情况下，跑步时小腿正侧疼可能是半月板损伤、腰椎间盘突出等因素导致的。可以通过物理治疗、药物治疗等方式进行治疗，同时建议患者适当运动，如果小腿疼痛剧烈，应该停止跑步，注意休息。
1.半月板损伤：患者在跑步过程中，当膝关节承受的压力超出其承受范围，就可能会造成半月板损伤，如果刺激到小腿正侧神经，神经支配区域就会出现放射性疼痛，因此患者会出现跑步时小腿正侧疼的症状。建议患者在医生的指导下通过局部冷敷处理、局部封闭、理疗等方式进行缓解。
2.腰椎间盘突出：如果患者有腰椎间盘突出病史，则在跑步过程中，可能会因为腰部的压力增加，使腰椎间盘突出加剧，当刺激作用于小腿前侧神经时，会产生小腿正侧疼的症状。建议患者在医生的指导下应用硫酸氨基葡萄糖胶囊、硫酸软骨素片、塞来昔布胶囊等药物进行治疗。