通常情况下，盐酸氨基葡萄糖胶囊和硫酸氨基葡萄糖胶囊区别体现在药物的副作用上，主要是盐酸氨基葡萄糖含有对胃肠道造成刺激的氯离子，同时长期服用还可能影响肝肾功能，造成损伤。建议服用该药物期间应定期检查肠胃及肝肾功能。而硫酸氨基酸葡萄糖并没有氯离子存在，一般不会对肠胃造成刺激，所以对于肠胃功能较差的患者可以选择硫酸氨基酸葡萄糖进行治疗。
盐酸氨基葡萄糖胶囊和硫酸氨基葡萄糖胶囊在药效方面并无较大差异，前者用的盐酸根，后者用的硫酸根，但是两种胶囊其共同成分都为氨基酸葡萄糖。氨基酸葡萄糖是人体营养软骨主要依赖的物质，而盐酸根与盐酸根均属于协同的载体，盐酸氨基葡萄糖胶囊和硫酸氨基葡萄糖胶囊均用于预防及治疗全身部位的关节炎，例如膝关节、腕关节、肩关节以及踝关节等，都具有增强软骨细胞的营养及促进软骨恢复等重要作用。