胸腺依赖性抗原和非胸腺依赖性抗原的区别，主要在于二者激活B细胞产生抗体是否需要T细胞辅助。人体正常的免疫应答是由抗原激发的多细胞相互作用的结果，即由抗原呈递细胞、T细胞和B细胞共同参与完成的。
1、胸腺依赖性抗原：该种抗原结构更复杂，它同时含有T细胞和B细胞两种抗原表位，因此能同时产生细胞免疫和体液免疫两种免疫应答机制，并且它产生体液免疫的过程必须有T细胞的辅助，如果感染了艾滋病等疾病造成T细胞功能低下，会造成体液免疫应答减弱；同时它还存在MHC限制性，简单来说就是会引起器官移植后的排异反应；胸腺依赖性免疫更显著的一个特点是它存在免疫记忆，即再次感染同样疾病后，能比第一次感染恢复得更快。
2、非胸腺依赖性抗原：该种抗原的结构则相对简单，其抗原刺激机体后通常只会产生体液免疫，而不产生细胞免疫；它无需T细胞辅助，可单独产生免疫反应，因此相应地受到的限制更少，即在患者的胸腺损伤后也能产生一定的免疫反应。