新生儿食道闭锁的原因有很多，比如先天性存在的食道闭锁现象、母亲患有糖尿病、母亲在孕期使用雌激素或雄激素等。新生儿食道闭锁是消化道的重要病症之一。是由于在胎儿时期受各种因素的影响使胎儿的食道发育异常，出现损伤的情况。
1、先天性存在的病症
由于宝宝在胚胎期食管与气管的发育出现了异常，导致胎儿没有形成完整的食道，从而出现无法饮食消化的状况，导致新生儿在胎儿时期就出现了食道闭锁。
2、母亲患有糖尿病
糖尿病是胰岛素分泌缺失导致的，糖尿病的长期存在会导致各种组织器官出现慢性损伤、功能障碍等。也可能导致宝宝出现食道闭锁的情况。
3、母亲在孕期服用雌激素或雄激素
激素容易导致胎儿发育异常，出现先天性食道闭锁的情况。出现食道闭锁的情况时，一般通过手术进行治疗，从而使宝宝的消化道恢复正常功能。术后在饮食方面注意多吃富含高蛋白的食品，促进伤口恢复。