造成新生儿眼底色素异常的原因有很多，比如先天性发育不良、过敏性结膜炎等。一般可以通过调节生活习惯、应用药物等方式进行治疗。
1、先天性发育不良
如果新生儿眼底色素异常，可能是先天性发育不良导致的。先天性发育不良一般是由于遗传、缺乏营养等原因引起的，通常会引发眼底色素异常、眼窝凹陷、怕光、流泪等症状。新生儿尽量母乳喂养，如果母乳不足可以采用母乳和奶粉混合喂养，当婴儿6个月时应按时添加有营养的辅食。日常生活中应注意保证新生儿足够的睡眠时间，可以多晒太阳，促进钙的吸收。
2、过敏性结膜炎
如果新生儿生活环境卫生不佳或家中饲养宠物等，可能会引发过敏性结膜炎，从而出现眼底色素异常、眼痒、眼睛异物感、眼屎增多、眼皮肿胀等症状。建议及时去医院就诊，在医生的指导下合理使用氧氟沙星滴眼液、硫酸锌尿囊素滴眼液等药物进行治疗。日常生活中注意眼部卫生，如果出现不适要及时复查。