皮下囊肿在体内破了会复发的，不会自行治愈。这是因为皮下囊肿主要是一种囊肿样的疾病，属于真性囊肿，也就是有完整的囊壁。唯一能够治愈的方法就是通过局部麻醉，手术切开将囊肿完整地切除才能达到治愈。仅仅将囊肿挤破只是将囊肿的内容物囊液或者其他的内容物挤出，而囊肿的囊壁仍然完整地停留在皮下，所以达不到治愈的效果，所以皮下囊肿挤破不会好，甚至会诱发细菌感染。
需要注意的是，皮下囊肿如果发生自行破裂，小的囊肿通过简单的生理盐水冲洗，局部的碘伏消毒，注意防止感染。如果囊肿比较大，就需要引起重视，最大程度地避免感染。建议患者在炎症发作期间可以吃克拉霉素片或者头孢类抗菌药，局部可以外用夫西地酸乳膏消炎抗菌，炎症消退后做手术切除治疗。