细针穿刺的优点在于它是用普通的针管来进行的，针管的直径和我们平时用的针管一样，不会对人体造成太大的伤害。但缺点是细针穿刺通常是使用注射器比较细的针头，因此它获取的组织量较少，通常只可以在显微镜下检查有无出现异常细胞，初步明确病变的性质，却无法制成病理切片，相对来说其诊断价值较低。
粗针的优点在于它采用了一种特殊的针管，这种针管的直径要大一些。但其能够获得更多的充分的组织量来满足病理和诊断上的要求。粗针穿刺的缺点是需要进行局部的麻醉，来减轻粗针穿刺对于病人的疼痛刺激。另外，粗针穿刺引发的周围的神经、血管、器官的损伤风险更大。最后是出血，粗针穿刺所引起的出血风险较细针穿刺更大。