首次进行肛交时，女方容易导致肛门的裂伤，从而引起肛门的剧痛，出现肛裂，便血。此后随着反复的肛交，肛门括约肌持续受到牵拉，更容易出现痔疮，粘膜脱垂等疾病，出现排便困难，肛门下坠等症状，严重的可以造成大便失禁，影响肛门功能。如果因为肛交肛门局部出现了皮肤破裂甚至伤口轻度感染时，可以选择具有消炎作用的栓剂以及乳膏进行局部的外用，比如克林霉素凝胶、复方多粘菌素B软膏等。并且以后要避免肛交，防止损害严重。
肛交十分的不卫生，因为容易导致破损出血，所以更容易造成性疾病如艾滋病的传播，对女性会造成较大损害，所以不推荐肛交。如果要进行肛交，也一定要全程使用避孕套，避免发生高危性行为，可减少对女性的损伤。