牛蒡根的副作用是可能会引起腹部难受、腹痛、腹泻等不适症状。由于牛蒡根性寒凉，服用后会导致体内的寒气加重，对胃肠道造成一些不利影响，所以一些寒性体质，以及本身脾胃比较虚弱，有腹痛、腹泻、便溏的人群是不宜服用的。建议咨询过医生后再进行使用。
牛蒡根具有利尿通便、防止痔疮、排血清血、养颜的作用，其营养成分有滋补和调理的特点，可以健脑益智，可以为人体补铁、补钙，还可以预防感冒，有效提高儿童抵抗力，有保护视力的作用。使用牛蒡根泡水喝具有散风热、消毒肿的功效。经常用于风热感冒引起的头痛、咽喉肿痛、咳嗽、齿龈肿痛等的治疗。