保和丸和保济丸的不同主要在于成分不同、功效不同、使用时间不同。但是保和丸和保济丸都是治疗肠胃不适导致的症状，且在服用药物的时候要忌食辛辣刺激油腻的食物。
1、组成成分不同：保和丸由山楂、神曲、麦芽、莱菔子、陈皮、连翘等药物组成，而保济丸由葛根、木香、天花粉、藿香、茯苓、薄荷、橘红、厚朴、神曲、谷芽、苍术等药物组成。
2、两者中都含有陈皮、神曲等消食和胃的药物，所以都可以治疗肠胃疾病，但是保和丸中还含有莱菔子、麦芽等中药，所以主要功效是消除和胃，没有其他功效。保济丸含有葛根、藿香、茯苓、薄荷、橘红等解表清热和祛湿的药物，所以可以解除因为湿浊困脾、外感表邪导致的肠胃不和。
3、保和丸适用于饮食不洁、饮食积滞、厌食等原因导致的肠胃不和。保济丸则适用于感冒引起的头痛和肠胃不适、暑湿引起的腹痛腹泻。