两岁孩子高烧39℃，反复发烧可根据病因进行治疗，大多是由于细菌或病毒、寄生虫等病原微生物感染人体导致的感冒、肺炎以及胃肠炎等原因引起的，可以在医生的指导下使用对乙酰氨基酚泡腾颗粒、布洛芬缓释混悬液等退烧药物进行治疗，同时还应遵医嘱使用药物积极治疗原发病，以缓解孩子的症状。
1、感冒。感冒大多是由于病毒感染上呼吸道引起的，通常会使孩子出现反复发烧、鼻塞、流鼻涕等症状可以在医生的指导下使用小儿氨酚黄那敏颗粒、头孢拉定干混悬剂等药物进行治疗。
2、肺炎。肺炎通常是由于细菌或病毒感染肺组织引起的，通常会使孩子出现反复发烧、咳嗽、咳痰等症状。可以在医生的指导下使用小儿清热利肺口服液、小儿肺热咳喘颗粒等药物进行治疗。
3、胃肠炎。胃肠炎大多是由于细菌、病毒或寄生虫等病原微生物感染胃肠道引起的，通常会使孩子出现反复发烧、腹痛、腹泻、恶心、呕吐等症状，可以在医生的指导下使用蜡样芽孢杆菌活菌胶囊、鞣酸蛋白酵母散等药物进行治疗。