6岁儿童半夜发烧39℃，通常可以通过减少衣物、多喝热水、口服药物等方法处理，一般可以起到降温的效果，如果症状还未得到缓解，建议应及时去医院进行诊治，以免出现高热、惊厥等风险。但是在治疗期间注意饮食清淡，避免食用辛辣油腻的食物，以防加重儿童病情。
1、减少衣物：如果6岁儿童半夜发烧39℃的情况下，要注意适当地减少衣物，首先要把领口解开，衣服适当地减少，盖的被褥不要过于太厚，通常可以促使热量更容易得到散发。
2、多喝热水：发烧期间可以给儿童多喝热水，热水进入到体内通常可以补足体液，促进排汗，可以促进排尿，排出体内所多余的热量，从而起到辅助降温的效果。
3、口服药物：对于6岁儿童半夜发烧39℃的情况下，要及时给予退烧药物进行退烧，可在医生的指导下口服布洛芬颗粒、对乙酰氨基酚颗粒等，从而起到退烧的效果。