脚趾甲与肉分离了而且里面很臭可能是细菌感染或者真菌感染等原因导致的，建议明确病因后进行相应的治疗，细菌感染可能与甲沟炎有关，可以通过涂抹药物或者拔甲手术的方法治疗，真菌感染通常分为甲癣或者足癣，建议通过涂抹药物的方法治疗。
1、细菌感染：可能是由于不注重局部的卫生、指甲修剪不当等原因导致的，可能会引起脚趾甲与肉分离了而且里面很臭，症状比较轻微者，可以遵医嘱涂抹红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物治疗，症状比较严重时，需要及时到医院，通过拔甲手术方法治疗。
2、真菌感染：通常是由于外伤或者卫生习惯不良等原因引起的，临床表现为脚趾甲与肉分离了而且里面很臭，建议遵医嘱通过涂抹复方酮康唑乳膏、盐酸特比萘芬乳膏等，能够达到一定的治疗效果。