肩膀上有个囊肿一般可以通过清创处理、药物治疗或者手术治疗，具体选择的治疗方法要根据个人肩膀上囊肿的严重程度来决定，如果囊肿的体积较小，一般可以选择保守治疗，如果肩膀上的囊肿体积较大，通常需要选择皮肤切除等方法进行治疗。
1、清创处理：肩膀上的囊肿一般是由于肩峰下滑囊肿或者肩周炎性液体没有吸收而形成了一个胞膜导致的，此时的囊肿形态较软，一般可以在医生操作下进行局部的揉搓和按摩，将囊肿揉破以后，使用氯化钠注射液反复清洗进行包扎即可。
2、药物治疗：对于轻度的肩膀上囊肿，通常可以在医生的指导下服用消炎抗菌的药物进行治疗，通常可以使症状得到缓解，比较常见的药物有盐酸左氧氟沙星胶囊或者头孢克肟片等。
3、手术治疗：如果肩膀上的囊肿比较严重时，可能会与周围的神经血管发生粘连，此时囊肿的体积也会较大，通常需要考虑采取手术治疗，一般可以在麻醉下进行切开，做囊肿的摘除手术，另外也可以选择引流的方法，将里面的脓液抽出体外将其治愈。