干酪乳杆菌如果过量食用可能会对胃肠道造成负担，干酪乳杆菌具体的副作用是因人而异的，由于每个人体质不同以及在服用后人体内的吸收也会存在差异，适量食用一般不会给身体造成副作用，但如果过量或长期服用可能会对胃肠道造成负担，通常会让患者出现腹痛、腹胀、腹泻等不适，在食用干酪乳杆菌期间，如果身体上出现任何不适建议及时到医院就诊。
干酪乳杆菌属于对人体有益的活性微生物食品原料，通常应用于牛奶、豆奶、酸乳、奶油、奶酪等乳制品的发酵，同时还能刺激到身体的免疫机制，提高免疫力、增强体质等。而且干酪乳杆菌通常寄存于肠道中，有一定几率能改善胃肠道生态环境，有助于促进肠道蠕动，一般还能调节肠道菌群，维持肠道内平衡，对肠道健康有一定的促进效果。