一般情况下，宝宝退烧两天后特别困可能是由于脱水、过度疲劳等原因引起的，可以在医生指导下通过应用药物、改善生活习惯等方式进行处理。
1、脱水：脱水可能是由于宝宝发烧时出汗比较多、摄入水分较少等原因引起的，可能会出现嗜睡、乏力等症状。可以在医生指导下通过复方氯化钠注射液、葡萄糖酸钙锌口服溶液等药物缓解不适症状，同时注意在大量出汗时及时给宝宝补充水分，防止出现电解质失衡的现象。
2、过度疲劳：宝宝发烧时由于身体不舒服无法正常休息，可能会出现过度疲劳、没有食欲、犯困等现象。建议给宝宝吃一些比较容易消化的食物，如苹果泥、蔬菜泥等，可有效增加宝宝的抵抗力。同时可以让宝宝适当进行运动，有助于提高身体免疫力。