无痛胃肠镜麻药通常是不会影响大脑的。由于胃肠镜患者的不适感较大，因此做无痛胃肠镜多采取的是全麻，选用的麻药时效较短、副作用较小。无痛胃肠镜针对患者出现的恐惧感以及不适感，防止患者在做胃肠镜时出现呕吐的现象，影响胃肠镜的进行，也为了避免胃肠镜损伤胃部黏膜，在做无痛胃肠镜时，通常采用的是全麻。无痛胃肠镜持续时间较短，所以麻醉药物一般选用丙泊酚，而丙泊酚具有苏醒快、副作用小等优点，因此做无痛胃肠镜麻药通常是不会影响大脑的。
做无痛胃肠镜前患者需要在6至8小时内禁食禁水，并且需要在医生的指导下服用泻剂，排空胃内容物，便于后期医生的观察。在检查后患者应注意观察腹部是否出现不适症状，是否有恶心呕吐的现象，还应注意观察大便是否有出血等不良现象。出现任何不适症状应及时前往医院，在医生明确病因后进行对因治疗。