三个月宝宝早上5点醒来不睡觉一般是正常现象，也可能是胃肠不适引起的，可根据具体原因采取针对性治疗方式。
1、正常现象。三个月宝宝早上5点醒来不睡觉，可能是由于想要排便或者是睡饱了，也可能是由于宝宝感到饥饿或口渴，建议及时对宝宝进行喂食或饮水。如果没有伴随其他不良症状，一般属于正常的生理现象，家长无需过多担心。
2、胃肠不适。如果宝宝睡觉时没有盖好被子，引起腹部着凉，可能会出现腹痛、腹胀等肠胃不适症状，可能会出现醒后不睡觉的现象。建议及时带宝宝去医院就诊，如果确诊是由于胃肠不适引起的，可以在医生的指导下使用枯草杆菌二联活菌颗粒、地衣芽孢杆菌活菌颗粒、酪酸梭菌二联活菌散等益生菌，促进肠胃蠕动，缓解宝宝胃肠不适症状。