三个月宝宝趴着就流口水可能是由于吞咽功能不成熟和口腔溃疡等原因导致的，根据不同的原因选择药物治疗。
1.吞咽功能不成熟。三个月宝宝趴着就流口水，可能和吞咽功能不成熟有关。三个月的宝宝出生的时间较短，各个器官的功能尚未发育完善，由于宝宝的唾液腺逐渐成熟，分泌会增多，但口腔较小，吞咽功能不成熟，会导致宝宝的口水流出，是正常的生理现象，随着年龄的增长，吞咽功能会逐渐完善，流口水的症状会得到缓解。
2.口腔溃疡。三个月宝宝趴着就流口水，也可能是由于口腔溃疡引起的。口腔溃疡发生的原因还不明确，诱发的因素有很多，比如免疫因素、遗传因素、饮食因素等，症状表现为口腔发病处水肿、充血等症状，还可能会伴有乏力、头痛、低热等现象，在医生的建议下，通过药物治疗，常用的有口腔溃疡散、桂林西瓜霜、冰硼散等。