12周岁女孩短裤上有褐色分泌物，可能是月经初潮、阴道炎、尿路感染等因素引起的，建议要根据身体情况进行相对应的调理，也可在医生的指导下服用药物进行治疗，从而改善12周岁女孩短裤上有褐色分泌物的现象发生。
1、月经初潮：12周岁女孩已经进入青春期阶段，可能会出现第一次来月经，由于青春期体内的激素异常，月经也会出现不规律的现象，量少的情况下可能会遗留在内裤上，从而引起短裤上有褐色分泌物的现象。建议日常生活中要注意个人卫生，做好身体的保暖工作，避免用凉水洗头、洗澡等。
2、阴道炎：通常由于不注意个人卫生或受到细菌、病毒感染所致，可能会出现阴道分泌物异常、外阴瘙痒、灼热感等不适现象，建议应及时去医院进行诊治，可在医生的指导下使用红霉素软膏、硝酸咪康唑乳膏等药物进行缓解。
3、尿路感染：一般是由于不注意个人卫生或短裤质量不好，容易引起细菌滋生，侵入到泌尿系统，可能会引发尿路感染，甚至可能会出现尿血的症状，还会伴有尿痛、尿频、分泌物异常的现象。可在医生的指导下服用阿莫西林颗粒、头孢克洛缓释片等药物进行治疗。