吃完辣椒肚子疼了两天可能是由于胃肠粘膜受到刺激、肠痉挛等原因引起的，建议根据不同的原因，在医生的指导下，通过口服药物治疗或者进行局部按摩。
1.胃肠粘膜受到刺激。在食用辣椒后，辣椒里的成分会对胃肠粘膜造成刺激，使胃黏膜产生损伤，进而引起腹泻或者是腹痛，建议在医生的指导下，通过口服药物治疗，常见的药物有奥美拉唑肠溶胶囊、多潘立酮片等，也可以进行局部按摩，并使用热毛巾热敷，可以缓解疼痛。
2.肠痉挛。引起肠痉挛的病因尚不完善，可能是胃肠道激素、环境刺激、饮食因素等因素引起的，常见的症状表现为阵发性腹痛，可能还伴有发热、呕吐等不良现象，可以在医生的指导下，通过口服硫酸阿托品片、西托溴铵片等药物治疗。