小孩腋下40℃可能是上呼吸道感染、病毒性肺炎等疾病引起的，建议要及时去医院进行详细检查，明确病因，在医生的指导下使用药物进行治疗。
1、上呼吸道感染：小孩腋下40℃，可能是上呼吸道感染所致，该疾病一般是由细菌、真菌、病原体感染引起的，通常伴有咳嗽、发热、鼻塞、痰多、呼吸困难等症状，如体温高于38.5℃，可在医生的指导下服用布洛芬颗粒、布洛芬混悬液、磷酸奥司他韦颗粒等药物进行治疗。
2、病毒性肺炎：病毒性肺炎一般由病毒感染到呼吸道及肺部引起的炎症，小孩会出现不同程度感染、缺氧的症状，通常会伴随出现反复发烧、咳嗽、嗜睡等不良症状，可在医生的指导下使用药物进行治疗，如小儿清肺颗粒、黄连上清液片、复方大青叶片等，从而缓解小孩腋下40℃的症状。