宝宝晚上睡觉肩膀抖动可能是由于神经系统发育不完善或者低钙血性抽搐等原因造成的，可在医生的建议下进行药物治疗。
1.神经系统发育不完善。由于宝宝出生的时间不长，各个系统以及功能发育尚不完善，无法准确控制住自身的肢体活动，可能会使宝宝出现晚上睡觉肩膀抖动的情况，是正常的生理现象，随着宝宝神经系统发育的完善，上述现象会逐渐得到缓解。
2.低钙血性抽搐。宝宝晚上睡觉肩膀抖动，可能是因为低钙血性抽搐引起的，主要是由于多种因素造成血液中钙离子的浓度降低，进而增强神经肌肉的兴奋性，导致出现全身横纹肌、平滑肌等不同程度痉挛的现象，建议去医院检查血清电解质，明确病因后，在医生的指导下，通过口服钙剂来治疗，常用的钙剂有乳酸钙片、枸橼酸钙片、碳酸钙片等。