三个月宝宝总是半夜才睡可能是由于生物钟紊乱、消化不良、缺钙等多种因素引起的，需要根据具体情况前往医院进行相关检查，明确病因并给予相对治疗。
1.生物钟紊乱：可能是由于三个月宝宝生物钟比较紊乱，不规律，没有形成固定的睡眠模式，导致三个月宝宝白天睡得多，进而出现三个月宝宝总是半夜才睡的情况。需要让宝宝调整睡眠状态，让宝宝白天多玩耍。
2.消化不良：可能是由于三个月宝宝在睡前食用过多的奶水造成腹部不适，使肠胃功能紊乱，导致消化不良，当出现消化不良后，进而引起三个月宝宝总是半夜才睡的情况，可采取顺时针腹部按摩等方式来缓解。
3.缺钙：可能是由于机体摄入钙元素不足或饮食不规律等多种因素引起的缺钙，当机体缺钙时，容易使大脑兴奋性增高，进而出现三个月宝宝总是半夜才睡的情况，可摄入含钙较多的食物，如牛奶、鸡蛋等食物。