早晨起来咳出来灰色果冻痰可能是由于支气管炎、咽炎等原因引起的，患者可以在医生的指导下通过改善日常生活习惯、应用药物等方式进行治疗。
1.支气管炎：支气管炎主要是由于微生物感染、粉尘刺激等所导致的，患者在患上该种疾病后可能会由于微生物刺激并分泌毒性物质而出现早晨起来咳出灰色果冻痰的情况，同时患者还可能会出现咽痛、鼻塞等症状。建议患者在患上该种疾病后及时前往医院在医生的指导下通过应用注射用青霉素钠、阿莫西林胶囊等药物进行治疗。
2.咽炎：咽炎是由于微生物感染引发的一种炎症，会导致患者出现早上起来咳出灰色果冻痰的情况。患者可以在专业医生的指导下通过使用复方氯己定含漱液、碘甘油等药物进行治疗，同时患者在日常生活中应当注意尽量避免食用辛辣、刺激性等的食物，可以适当多吃一些富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，从而在一定程度上帮助身体恢复。