三岁孩子肚子疼发烧反复可能是肠胃炎、阑尾炎导致的，建议及时去医院就诊完善相关检查，明确具体病因，在医生指导下使用药物、手术等方式进行治疗。
1、肠胃炎：由于饮食不洁或免疫力较差等原因导致细菌感染，引起肠胃炎，可出现孩子肚子疼，发烧反复的症状。针对发烧症状，可在医生指导下进行物理降温，如使用退烧贴、擦拭孩子额头及腋窝处，帮助降温。治疗细菌引起的肠胃炎，应遵医嘱使用药物如罗红霉素胶囊、阿奇霉素颗粒等。
2、阑尾炎：多因阑尾管腔阻塞并发细菌感染所致，症状可表现为剧烈腹痛、恶心、呕吐、发热、乏力等。建议家长就是带孩子就医治疗，阑尾炎的一线治疗方案多为手术治疗，如腹腔镜阑尾切除术、开腹阑尾切除术等，应以医生的指导建议为准。