两个月婴儿睡觉时猛烈晃脑袋可能是由于佝偻病、小儿癫痫等疾病导致。建议家长立即携带患者前往医院，并在医师指导下通过应用药物、改善日常生活习惯等方式为患者进行治疗。
1.佝偻病
日常缺乏光照、营养不良等原因可能使婴儿缺乏维生素D并诱发佝偻病，致使两个月婴儿睡觉时猛烈晃脑袋、半夜惊醒、多汗等症状。患者可以在医师指导下应用葡萄糖酸钙锌口服溶液、维生素D滴剂进行治疗，同时建议患儿每日进行半小时左右的日照，有助于促进身体自行合成维生素D预防佝偻病。
2.小儿癫痫
遗传、脑部受到撞击等原因可能引起小儿癫痫，致使两个月婴儿在睡觉时出现猛烈晃脑袋的行为，部分婴儿可能还伴有身体抽搐、肢体短暂麻痹等症状。患者可以在医师指导下应用苯巴比妥片、卡马西平片等药物进行治疗。