一般情况下，三个月宝宝趴着抬头流口水是可能正常生理性现象或者鹅口疮等原因引起，建议通过应用药物、家庭护理等方式缓解。
1.正常生理性现象：三个月宝宝趴着抬头流口水可能是正常生理性现象，这是因为三个月的宝宝由于口腔的容积比较小，而口腔的分泌液较多，所以就容易导致流口水，建议家长日常注意孩子个人卫生，可使用温水清洗口周，避免引起细菌感染。
2.鹅口疮：三个月宝宝趴着抬头流口水可能是鹅口疮导致，鹅口疮主要是营养不良或口腔卫生差等原因导致，常伴随流口水、啼哭等症状，建议及时带宝宝前往专业医院，遵医嘱应用硝酸咪康唑乳膏、氟康唑乳膏等药物进行治疗，同时在日常生活中，注意宝宝口腔卫生，对哺乳用品进行消毒，加强宝宝看护，避免宝宝用手抓挠患处。